El episodio comienza con Jack, Kate y Hurley de vuelta en la isla, después de haberse ido hace tres años. La narración salta atrás para mostrarnos las 46 horas previas a su llegada.
Eloise Hawking lleva a Jack, Desmond, Sun y Ben a una nueva estación de Dharma llamada el Faro, situada debajo de la iglesia. Dharma usó esa estación para encontrar la isla ya que ésta no para de moverse. Dieron con un método con el que podían predecir dónde estaba la isla en un momento en concreto.
Cuando Eloise menciona que el grupo sólo tiene 36 horas para tomar el avión de Ajira Airways 316 para poder volver a la isla, Desmond se niega a ir y se marcha, diciendo que si la isla no ha terminado con él, él sí que ha terminado con la isla. Eloise tiene una charla a solas con Jack en la que le dice que debe llevar algo que perteneciera a su difunto padre consigo en el avión, porque deben recrear lo más fielmente posible el vuelo original, y Locke sustituiría a su padre como cadáver si llevara algo suyo, y también le entrega una nota de suicidio de John Locke dirigida a él, que Jack no lee.
Al siguiente día, Jack recibe una llamada informándole de que su abuelo Ray ha intentado escaparse del centro en el que está viviendo. Jack va a visitarle y encuentra unos zapatos que pertenecieron a su padre, y se los lleva.
Más tarde Jack regresa a su apartamento, donde encuentra a Kate tumbada en su cama. Habla con ella y le pregunta dónde está Aaron, y Kate le dice que si quiere que ella vuelva a la isla no le pregunte por eso nunca más. A continuación se acuestan juntos.
A la mañana siguiente, mientras desayuna con Kate, Jack recibe otra llamada, esta vez es Ben, al que vemos con rasguños y sangre en el puerto, que le dice que tiene que ir a una carnicería para recoger el cadáver de Locke. Jack lo hace, y le pone los zapatos de su padre en el proceso, también le deja la nota de suicidio en un bolsillo sin haberla querido leer.
En el aeropuerto, Jack, Kate, Sun y Hurley embarcan en el avión 316. Hurley fue informado sobre tomar ese avión por otra persona distinta a Ben, y compró el resto de asientos del avión para salvar la vida de los posibles pasajeros.
Sayid también embarca en el avión, custodiado por una policía. Ben es el último en embarcar, y al verlo entrar Hurley se lo intenta impedir, pero al final Jack le convence.Durante el vuelo, Jack se entera de que el piloto es Frank Lapidus, y cuando logra hablar con él, Lapidus se da cuenta de que van a volver a la isla cuando ve al resto de los pasajeros.
Jack vuelve a recibir la nota de suicidio de Locke porque durante el chequeo del cadáver para embarcarlo la habían encontrado y ponía su nombre. Se decide a leerla después de que Ben le diga que la muerte de Locke no fue culpa suya, y pone: “Ojalá me hubieras creído.”
El avión entra en zona de turbulencias y surge un flash similar al que ocurre cuando la isla salta en el tiempo.Entonces la primera escena del episodio se repite, y vemos que Jack, Kate y Hurley se encuentran con Jin, que venía conduciendo una furgoneta y vistiendo un uniforme de Dharma.
